除了空间索引之外，InnoDB 索引都是 B 树 数据结构。空间索引使用 R 树，它是一种专门用于索引多维数据的结构。索引记录存储在 B 树或 R 树数据结构的叶子页中。索引页的默认大小为 16KB。页大小由 MySQL 实例初始化时的 innodb_page_size 设置决定。请参阅 第 17.8.1 节，“InnoDB 启动配置”.

当将新记录插入 InnoDB 聚簇索引 时，InnoDB 尝试在页中保留 1/16 的空间以供将来插入和更新索引记录。如果索引记录按顺序插入（升序或降序），则生成的索引页大约是 15/16 满的。如果记录是随机插入的，则页面是 1/2 到 15/16 满的。

InnoDB 在创建或重建 B 树索引时执行批量加载。这种索引创建方法被称为排序索引构建。 innodb_fill_factor 变量定义了在排序索引构建期间每个 B 树页上填充的空间百分比，剩余空间保留供将来索引增长。排序索引构建不支持空间索引。有关更多信息，请参阅 第 17.6.2.3 节，“排序索引构建”。 innodb_fill_factor 设置为 100 会在聚簇索引页中保留 1/16 的空间以供将来索引增长。

如果 InnoDB 索引页的填充因子下降到低于 MERGE_THRESHOLD（默认情况下为 50%，除非另有指定），InnoDB 会尝试收缩索引树以释放该页。 MERGE_THRESHOLD 设置适用于 B 树索引和 R 树索引。有关更多信息，请参阅 第 17.8.11 节，“配置索引页的合并阈值”.